Tymczasem, już 15 listopada 1939 przywieziono do Koronowa pierwszą grupę Polaków skazanych przez bydgoski sąd specjalny. Od tej pory w Koronowie zaczęło funkcjonować regularne niemieckie więzienie (Zuchthaus). Teoretycznie jego pojemność była obliczona na 562 więźniów, lecz zazwyczaj liczba osadzonych była większa. Duża była również rotacja więźniów.
W więzieniu panowały wyniszczające warunki. Z zeznań byłych więźniów wynika, iż otrzymywali oni minimalne racje żywnościowe – pół litra kawy, 10 gramów cukru i kawałek chleba na śniadanie; rzadką zupę (zazwyczaj z kwaszonej kapusty) na obiad, a na kolację wyłącznie kawę. Nie mogli otrzymywać żadnych paczek żywnościowych. Z powodu niedostatecznego wyżywienia, wyczerpującej pracy, przepełnienia zakładu oraz surowego reżimu więziennego śmiertelność wśród więźniów była wysoka. Przez cały okres funkcjonowania zakładu (15 listopada 1939 – 26 stycznia 1945) w księgach stanu cywilnego zanotowano 631 zgonów skazanych z czego: 1939 – 1 zgon; 1940 – 24 zgony; 1941 – 27 zgonów; 1942 – 248 zgonów; 1943 – 205 zgonów; 1944 – 117 zgonów; 1945 – 9 zgonów.