Po kilku latach kierowania własnym zespołem Arden International, który startował m.in. w Formule 3000 i Auto GP World Series Horner rozpoczął poszukiwania szansy na dostanie się do Formuły 1. Początkowo był zainteresowany zakupem zespołu Formuły 1 Jordan Grand Prix, ale negocjacje z Eddie Jordanem zostały przerwane. W listopadzie 2004 roku producent napojów energetycznych Red Bull zakupił Jaguar F1 Team w którym trzy miesiące później, czyli w styczniu 2005 roku zatrudniony został Horner. Brytyjczyk został szefem zespołu na osiem tygodni przed startem sezonu 2005, ale w kolejnych miesiącach miał znaczny wpływ na kształt zespołu m.in. na zatrudnienie Adriana Neweya na stanowisku głównego dyrektora technicznego zespołu w listopadzie 2005. W momencie zatrudnienia 31-letni Horner był najmłodszym szefem zespołu w Formule 1.
Od 2005 roku zespół Red Bull Racing kierowany przez Hornera zdobył sześciokrotne mistrzostwo konstruktorów (2010, 2011, 2012, 2013, 2022, 2023). Ponadto kierowcy jego zespołu zdobyli osiem tytułów mistrzowskich, Sebastian Vettel (2010–2013) oraz Max Verstappen (2021, 2022, 2023, 2024). 9 lipca 2025 roku, trzy dni po Grand Prix Wielkiej Brytanii 2025, Red Bull z efektem natychmiastowym zwolnił Christiana Hornera.