Do miasta wrócili również franciszkanie, którzy odzyskali swoje dobra na Piasku. Odbudowujące się Kłodzko jest doświadczane przez liczne epidemie (1680, 1714) i wielką powódź (1783 r.).
Panowanie pruskie/niemieckie thumb|left|Panorama Kłodzka na początku XIX w. W czasie I wojny śląskiej Kłodzko na mocy pokoju wrocławskiego (1742 r.) przeszło pod panowanie Prus. Fryderyk II Wielki doceniając strategiczne położenie miasta przystąpił do modernizacji fortyfikacji poaustriackich i rozbudowy twierdzy. W czasie wojny siedmioletniej Austriacy zdobyli miasto w 1760 r., ale musieli je zwrócić Prusom na mocy pokoju w Hubertusburgu (1763 r.).
Ostatni raz twierdza oblegana była podczas wojen napoleońskich w 1807 r. W 1810 r. dokonano sekularyzacji dóbr kościelnych, m.in. klasztor franciszkanów przeznaczono na szpital, a kościół na świątynię garnizonową. Pierwsza połowa XIX w. to okres zastoju zmilitaryzowanego i pozbawionego czynników rozwoju miasta. Korzystniejsza infrastruktura nastąpiła w 2. poł. stulecia. Pobudowano wówczas większość szos łączących Kłodzko z innymi miastami w okolicy. W latach 1862–1905 wybudowano linie kolejowe. Kłodzki węzeł kolejowy dawał połączenia z Wrocławiem, Wałbrzychem, Kudową i Stroniem. Utworzone w 1881 r. Kłodzkie Towarzystwo Górskie przyczyniło się do rozwoju turystyki.