W latach 1864–1874 w dzielnicy Jurandów wzniesiono nowy, olbrzymi kompleks szpitalny.
thumb|Tablica upamiętniająca uwięzienie Wojciecha Kętrzyńskiego w Kłodzku W XIX wieku polscy działacze niepodległościowi byli więzieni przez Prusaków w Twierdzy Kłodzko, w tym Włodzimierz Adolf Wolniewicz, Wojciech Kętrzyński, Maksymilian Braun, Augustyn Szamarzewski.
W 1877 r. zniesiono status twierdzy i zezwolono na swobodną rozbudowę miasta. Rozbrojoną twierdzę wykorzystywano na magazyny oraz więzienie dla jeńców wojennych i więźniów politycznych. W latach 1880–1911 nastąpiła rozbiórka bram i większości murów miejskich. Wybudowano w tym czasie nowe gmachy publiczne (poczta, sąd, więzienie, starostwo) i urządzenia komunalne (gazownia, wodociągi z kanalizacją). W 1890 r. odbudowano po pożarze ratusz. Dokonano przebudowy parterów wielu zabytkowych kamienic w obrębie Starówki, adaptując je na pomieszczenia sklepowe. Następuje rozbudowa miasta w kierunku południowym, wschodnim i zachodnim (dwa ostatnie kierunki hamowane przez niekorzystne ukształtowanie