Poznań pod okupacją (1939–1945) 1 września 1939 został zastępcą komendanta obrony przeciwlotniczej. W Poznaniu przebywał przez cały okres okupacji niemieckiej. Pracował m.in. fizycznie w Zarządzie Zieleni Miejskiej oraz jako robotnik budowlany. Był też kreślarzem w niemieckiej firmie budowlanej. Brał udział w opracowywaniu projektu rozbudowy poznańskiej Malty. Współpracował z Armią Krajową – w konspiracji prowadził badania, związane z możliwością przejęcia przez Polskę ujścia Odry, m.in. studiując Atlas Słowiańszczyzny Zachodniej księdza Stanisława Koziorowskiego oraz szczeciński Pommersche Zeitung, który prenumerował od 1941 roku. W 1942 roku odwiedził i oglądał Szczecin.
Luty-kwiecień 1945 roku Walki między wojskami radzieckimi i niemieckimi o Poznań zakończyły się 23 lutego 1945 roku. Piotr Zaremba był do kwietnia tegoż roku, kolejno: wicedyrektorem Wydziału Technicznego Zarządu Miejskiego w Poznaniu i dyrektorem Biura Planowania Regionalnego Pomorza Zachodniego. Już w lutym roku wypełnił ankietę, w której zadeklarował wyjazd na tereny przyłączone do Polski;