Prowadzone działania operacyjne dotyczące środowiska FMW Warszawa otrzymały kryptonim „Gol”Teczka Osobowa J.Czarnecki.IPN Warszawa.. W związku z przygotowaniami FMW do uczczenia wizyty papieża Jana Pawła II w Gdańsku Służba Bezpieczeństwa rozpracowywała Federację Młodzieży Walczącej w ramach operacji o kryptonimie „Zorza II”Akta Operacji „Zorza II”. IPN Gdańsk.. W samym 1986 r. Służba Bezpieczeństwa skutecznie rozbiła struktury FMW w Kolnie (Sprawa Operacyjnego Rozpoznania „BUG”), Chełmie i Olsztynie. Wobec członków FMW stosowano również nieproceduralne formy działania, takie jak próby skłócania poszczególnych działaczy i środowisk FMW, a także represji, z porwaniami i zabójstwami włącznie. W styczniu 1986 r. tzw. „nieznani sprawcy” porwali Jacka „Wiejskiego” Górskiego, działacza FMW z Warszawy, którego następnie poddano torturom, po czym nieprzytomnego porzucono na torach kolejowychStowarzyszenie Federacji Młodzieży Walczącej: Tygodnik Mazowsze nr 159.. Trzy lata później, 3 czerwca 1989 w jeziorze w centrum Kętrzyna odnaleziono zwłoki Roberta Możejki, działacza FMW Warmii i MazurStowarzyszenie Federacji Młodzieży Walczącej: Morderstwo Roberta Możejko z 1989 r. nadal nie wyjaśnione..