Za czasów biskupa Teofila, odpowiedzialnego za zniszczenie Serapejonu, nie spotykały jej żadne szykany.
Śmierć mały|Ikona przedstawiająca Cyryla z Aleksandrii Sytuacja zmieniła się po objęciu biskupstwa w 412 roku przez bratanka Teofila, Cyryla (późniejszego świętego Cyryla z Aleksandrii), który szybko popadł w konflikt z cesarskim prefektem i namiestnikiem Egiptu Orestesem, przyjacielem Hypatii. Cyryl i inni księża zaczęli atakować aleksandryjską filozofkę i matematyczkę, oskarżając ją z ambon aleksandryjskich kościołów o czary i uprawianie satanizmu. Jednak przyczyny religijno-polityczne były tylko jednym z powodów ataku Cyryla na Hypatię. Cyryl zazdrościł aleksandryjskiej matematyczce popularności wśród mieszkańców Aleksandrii. Według najnowszych badań Marii Dzielskiej, żywił do niej głęboką, patologiczną nienawiść: