W międzyczasie dzięki Shepardowi Przymierze wchodzi w posiadanie pozostawionych przez proetan schematów Tygla – potężnej superbroni, która potencjalnie może zniszczyć Żniwiarzy – i rozpoczyna jego budowę.

Ostatecznie komandor spotyka się z Katalizatorem – inteligentnym konstruktem, który od eonów strzeże równowagi w galaktyce, co pięćdziesiąt tysięcy lat przetwarzając wysoko zaawansowane rasy organiczne w Żniwiarzy, zanim te zostaną zniszczone przez syntetyków, których tworzą. Katalizator oferuje kilka rozwiązań, od których zależą dalsze losy Sheparda i całej galaktyki: Shepard decyduje się zniszczyć Żniwiarzy, co od samego początku było celem. Żniwiarze zostają pokonani, ale jeśli komandor nie zebrał wystarczająco silnej armii, giną również wszyscy przebywający na Ziemi. Jeżeli jednak Shepard zebrał silną armię, jest to jedyne zakończenie, w którym może przeżyć. Shepard postanawia przejąć kontrolę nad Żniwiarzami.