Pomiędzy swoim wskrzeszeniem a zniszczeniem bazy Zbieraczy Shepard opóźnia rozpoczęcie inwazji Żniwiarzy, jednak ceną za to jest zniszczenie systemu Bahak, w którym znajdowała się 300 tysięczna kolonia batarian. Przymierze Systemów, mając na uwadze wielkie zasługi komandora dla galaktyki, nie stawia go przed sądem wojennym, zostaje on jednak uziemiony w siedzibie przymierza w Vancouver. Pół roku po wydarzeniach w bazie Zbieraczy rozpoczyna się inwazja Żniwiarzy na Ziemię. Shepard zostaje przywrócony do służby i wysłany na Cytadelę w celu zyskania pomocy innych ras. Rada Cytadeli, obawiająca się o bezpieczeństwo swoich rodzinnych układów, odmawia wysłania wojsk na Ziemię. Komandor zaczyna budować sojusze, zyskując przychylność turian, asari, salarian, krogan, quarian, gethów i rakniiShepard może zdobyć poparcie wszystkich wymienionych ras, o ile gracz na przestrzeni całej trylogii podejmował przemyślane decyzje. Może dojść również do sytuacji, w której zyska on przychylność quarian, co wiąże się jednak z unicestwieniem gethów i na odwrót. Możliwe jest również pogodzenie obu tych ras., tworząc tym samym armię, która ostatecznie uderzy na Żniwiarzy.