W 1957 zorganizował i prowadził społeczną inicjatywę przeciwalkoholową pod nazwą Krucjata Wstrzemięźliwości. W działalności tej zaangażowanych było blisko tysiąc kapłanów katolickich i ponad 100 tysięcy ludzi świeckich. Był to jeden z najważniejszych społecznych ruchów Kościoła katolickiego w Polsce w okresie PRL. Krucjata proponowała całkowitą abstynencję jako wyraz miłości wobec uzależnionych oraz formację duchową przez modlitwę i świadectwo. Blachnicki opracował program formacyjny i redagował pismo „Niepokalana Zwycięża”. Ówczesne władze nie chciały tolerować tego typu działalności i inicjatywa ta została zlikwidowana. W odpowiedzi na to ks. Franciszek napisał Memoriał w sprawie likwidacji Krucjaty Wstrzemięźliwości wysłany do centralnych władz państwowych i kościelnych oraz mediów. W memoriale tym krytykował prześladowanie Kościoła katolickiego w Polsce i sugerował, że likwidując Krucjatę państwo występuje przeciwko narodowi. W marcu 1961 ks. Franciszek został aresztowany pod zarzutem wydawania nielegalnych druków i „rozpowszechniania fałszywych wiadomości o rzekomym prześladowaniu Kościoła w Polsce”, spędzając ponad 4 miesiące w areszcie w Katowicach (w tym samym, w którym podczas okupacji przeżył swoje nawrócenie). Po zatrzymaniu przez SB skonfiskowano materiały Krucjaty, dokumenty personalne i korespondencję.