Został skazany na 13 miesięcy więzienia, w zawieszeniu na 3 lata. Po wyjściu z więzienia był wciąż inwigilowany, a jego działalność duszpasterska ograniczana.
W październiku 1961 rozpoczął studia na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. W latach 1964–1972 kontynuował na KUL-u pracę dydaktyczno-naukową, publikując ok. 100 prac. Jego rozprawa habilitacyjna nie została zatwierdzona przez władze komunistyczne, a bierność Uniwersytetu w tej sprawie w połączeniu z rozwojem ruchu oazowego, skłoniła go do odejścia z uczelni.
Należał też do organizatorów Instytutu Teologii Pastoralnej. Lata 1964–1980 stały się dla niego okresem ożywionej działalności w ramach odnowy po II Soborze Watykańskim. W 1967 został Krajowym Duszpasterzem Służby Liturgicznej, stworzył własną koncepcję służby liturgicznej i wypracował unikalny system formacji w małych grupach. Od 1963 zaczął działać tzw. ruch oazowy, który potem rozwinął się jako Ruch Światło-Życie. Była to metoda 15-dniowych rekolekcji dla różnych grup młodzieży, a także dorosłych i całych rodzin.
Ks. Blachnicki rozwijał oryginalną koncepcję Kościoła jako „wspólnoty wspólnot”, w której każdy ochrzczony ma swoje niepowtarzalne miejsce i powołanie.