Niemniej w wyniku odwetowych masakr poniosło śmierć nawet do 3 tys. Hutu, w tym wiele kobiet i dzieci.
1 czerwca 1993 przeprowadzono pierwsze w historii Burundi wolne wybory prezydenckie. Bezapelacyjnym zwycięzcą okazał się kandydat umiarkowanej opozycji Hutu, Melchior Ndadaye, którego poparło 65% głosujących. Urzędujący prezydent Pierre Buyoya, który uzyskał poparcie rzędu 33%, bezzwłocznie uznał swoją porażkę. Partia Ndadaye – Front pour la Démocratie au Burundi (FRODEBU) – odniosła również całkowite zwycięstwo w przeprowadzonych 29 czerwca 1993 wyborach parlamentarnych, uzyskując poparcie 71% głosujących oraz zdobywając 65 mandatów w 81-osobowym Zgromadzeniu Narodowym. W nowym parlamencie zasiadło 69 Hutu i 12 Tutsi. Zmiana władzy nie przebiegła jednak bez trudności. Jeszcze przed oficjalnym ogłoszeniem wyników głosowania na ulice Bużumbury wyszły tysiące rozgoryczonych działaczy UPRONA oraz studentów Tutsi. Z kolei 3 lipca 1993 ppłk. Sylvestre Ningaba, były szef gabinetu prezydenta Buyoyi, podjął próbę zamachu stanu, chcąc w ten sposób zahamować demokratyczne przemiany. Niedoszły pucz został jednak błyskawicznie stłumiony, a Ningaba i jego współpracownicy zostali aresztowani i uwięzieni.