Systematycznie zwiększano udział Hutu w rządzie, administracji i w kierowniczych gremiach rządzącej partii UPRONA. Wkrótce Buyoya wyraził również zgodę na przeprowadzenie wolnych wyborów.
Zainicjowana przez Buyoyę liberalizacja systemu politycznego napotkała na opór ze strony ekstremistów z obu grup etnicznych. Radykałowie Tutsi byli przeciwni jakimkolwiek ustępstwom na rzecz Hutu, podczas gdy ekstremiści Hutu odrzucali każdy kompromis, który nie gwarantował ich rodakom pełnej i niepodzielnej władzy w państwie. W rezultacie na przełomie lat 80. i 90. sytuacja polityczna w Burundi pozostawała napięta, nierzadko dochodziło również do aktów przemocy na tle etnicznym. Największy kryzys miał miejsce jesienią 1991, kiedy to bojownicy z radykalnego ugrupowania PALIPEHUTU przypuścili serię skoordynowanych ataków na obiekty wojskowe i policyjne w stolicy oraz w prowincjach Cibitoke i Bubanza (23/24 listopada 1991). Atakom towarzyszyły napady na cywilnych Tutsi, w których wyniku mogło ponieść śmierć nawet kilkaset osób. Rebelia została jednak szybko stłumiona, a wojsko wraz ze służbami bezpieczeństwa przystąpiło do rozprawy ze wszystkimi prawdziwymi i domniemanymi zwolennikami PALIPEHUTU. Tym razem prezydent Buyoya nie pozwolił, aby represje całkowicie wymknęły się spod kontroli, jak to miało miejsce w Ntega i Marangara w sierpniu 1988.