W kolejnych wyborach prezydenckich 14 grudnia 1998 Condé zajął według oficjalnych wyników trzecie miejsce, zdobywając 16,6% głosów poparcia, za prezydentem Conté (56,1%) oraz Mamadou Boye Bâ (24,6%). Również i tym razem odrzucił wyniki głosowania, uznając je za sfałszowane. 16 grudnia 1998, dwa dni po wyborach, podobnie jak wielu pozostałych liderów opozycji, został aresztowany pod zarzutem przygotowywania buntu przeciwko rządzącym. Przez ponad 20 miesięcy był przetrzymywany w więzieniu bez wyroku i procesu sądowego. W jego obronie wystąpiła Amnesty International, która oskarżyła gwinejskie władze o łamanie praw człowieka oraz Rada Unii Międzyparlamentarnej, która uznała jego aresztowanie za złamanie przysługującemu mu immunitetu poselskiego. We wrześniu 2000 został ostatecznie skazany na 5 lat pozbawienia wolności za "przestępstwa przeciwko władzy państwowej i integralności terytorium kraju". Z więzienia został zwolniony jednak w maju 2001 na mocy prezydenckiego prawa łaski, pod warunkiem rezygnacji z działalności politycznej. Po ułaskawieniu opuścił ojczyznę i udał się do Francji. Jego partia zbojkotowała wybory parlamentarne w czerwcu 2002 oraz prezydenckie w grudniu 2003.