Alpha Condé powrócił do Gwinei w lipcu 2005. Po śmierci prezydenta Conte i przeprowadzeniu zamachu stanu przez kapitana Moussę Dadis Camarę w grudniu 2008, poparł początkowo nowe władze wojskowe obiecujące demokratyczne wybory i walkę z korupcją, nazywając ich członków "patriotami". Jednak wkrótce potem, z powodu nierealizowania przez kapitana Camarę swoich zobowiązań, zmienił stanowisko i wystąpił z krytyką junty wojskowej. Jako lider RPG wszedł w skład koalicji partii opozycyjnych Forum Żywych Sił Gwinei (Forum des Forces Vives de Guinée), która domagała się organizacji wolnych wyborów i we wrześniu 2009 zorganizowała protest w Konakry, brutalnie stłumiony przez służby bezpieczeństwa. Dzień po stłumieniu wiecu potępił masakrę oraz zapowiedział mobilizację społeczeństwa i kontynuowanie protestów przeciwko "kryminalnemu reżimowi wojskowemu".