Mimo relegacji zdecydował się pozostać na kolejny rok w drużynie z portowego miasta, w drugiej lidze także notując regularne występy.
Latem 2009 Layún za sumę 900 tysięcy euro przeniósł się do włoskiej ekipy Atalanta BC z miasta Bergamo, podpisując z nią dwuletnią umowę. W Serie A zadebiutował 27 września 2009 w zremisowanej 1:1 konfrontacji z Chievo, zostając tym samym pierwszym Meksykaninem, który zdołał rozegrać spotkanie w najwyższej klasie rozgrywkowej we Włoszech. Nie potrafił sobie jednak wywalczyć miejsca w wyjściowym składzie, pozostając wyłącznie rezerwowym ekipy prowadzonej przez Antonio Conte. Po upływie zaledwie sześciu miesięcy powrócił zatem do ojczyzny, na zasadzie półrocznego wypożyczenia zasilając zespół Club América z siedzibą w stołecznym mieście Meksyk. W barwach tej drużyny zdobył swojego premierowego gola w najwyższej klasie rozgrywkowej, 2 maja 2010 w zremisowanym 2:2 spotkaniu z Tolucą.
W lipcu 2010 Layún na zasadzie wolnego transferu przeszedł do Amériki na stałe. Mimo początkowych kiepskich występów, przez które stał się obiektem drwin wśród kibiców, został jednym z najważniejszych graczy drużyny.