Są to deniwelacje, należące do największych na Niżu Polskim.

Od południa pradolina jest ograniczona piaszczystym Tarasem Szamocińskim, zajętym w znacznej mierze przez lasy, stykającym się z krawędzią Pojezierza Chodzieskiego. Znaczne części pradoliny zostały zmeliorowane i prowadzona jest na nich gospodarka łąkowa. W kilku miejscach w dnie pradoliny założono stawy rybne, w których prowadzona jest intensywna hodowla ryb – stawy Antoniny, Smogulec, Ostrówek, Występ i Ślesin. Zachodnia część obszaru chronionego jest obecnie doliną Noteci. Część wschodnia jest doliną żeglownego Kanału Bydgoskiego, wybudowanego w 1774 r., łączącego dorzecza Odry i Wisły.

Wśród siedlisk na obszarze doliny, największy udział posiadają łąki i pastwiska – 83%, zaś znacznie mniejszy: zbiorniki wodne (5%), grunty orne (4%), lasy liściaste (4%), iglaste (2%) oraz inne obszary (2%).

Nad Doliną Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego nadzór sprawuje Dyrektor Zespołu Parków Krajobrazowych Województwa Wielkopolskiego.