Formy ochrony przyrody Na terenie doliny występują dwa obszary chronionego krajobrazu: Obszar Chronionego Krajobrazu Dolina Noteci – obejmuje 64,4% powierzchni doliny Nadnotecki Obszar Chronionego Krajobrazu – obejmuje 5,2% powierzchni doliny oraz 3 rezerwaty przyrody: rezerwat przyrody Borek rezerwat przyrody Łąki Ślesińskie rezerwat przyrody Kruszyn
W sieci European Ecological Network, Pradolina Toruńsko-Eberswaldzka stanowi korytarz ekologiczny o znaczeniu międzynarodowymMarcysiak Katarzyna: Ochrona przyrody – Bydgoszcz i okolice. [w.] Banaszak Józef red.: Przyroda Bydgoszczy. Wydawnictwo Akademii Bydgoskiej im. Kazimierza Wielkiego, Bydgoszcz 2004. ..
Wartość przyrodnicza W obrębie Doliny znajdują się dwie ostoje ptaków o randze europejskiej: E37 (Stawy Ostrówek i Smogulec), E38 (Stawy Ślesin i Występ).
Na chronionym obszarze występuje co najmniej 18 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej oraz 8 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi. W okresie lęgowym obszar zasiedla około 10% populacji krajowej podróżniczka oraz co najmniej 1% populacji krajowej: bielika i kani czarnej. W stosunkowo wysokiej liczebności występują również kania ruda i błotniak stawowy.