Już w styczniu 1945 powrócił do pracy na uczelni, a kilka miesięcy później habilitował się na Wydziale Filozoficznym UJ (lipiec 1945). Został także wybrany w listopadzie 1945 na prezesa krakowskiego koła PSL, jednak w lipcu 1946 zrezygnował tak z tej funkcji, jak i z oficjalnej działalności politycznej. W 1946 został profesorem historii i socjologii wsi na Wydziale Rolniczo-Leśnym Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. W 1952 roku został przeniesiony na Wydział Filozoficzno-Historyczny jako profesor nadzwyczajny, gdzie wkrótce został jego dziekanem. Od 1954 roku pełnił funkcję kierownika Pracowni Historycznej Rolnictwa i Hodowli w Polsce przy Instytucie Historii Kultury Materialnej PAN. Na jego dorobek składa się m.in. ponad 100 prac naukowych i popularnonaukowych. Stanisław Szczotka jest również autorem kilkudziesięciu haseł Polskiego Słownika Biograficznego. Był także encyklopedystą – na prośbę Stanisława Kota napisał hasło inwentarze oraz zbójnictwo do Encyklopedii staropolskiej Brücknera wydanej w latach 1937–1939.
Poniósł śmierć w wypadku kolejowym pod Kępnem.