Fragment Wisły przylegający do Morza Bałtyckiego znajduje się w sąsiadującym obszarze Natura 2000 pod nazwą „Ujście Wisły”.
Od Włocławka do Bydgoszczy Wisła przepływa dnem Pradoliny Toruńsko-Eberswaldzkiej, a następnie gwałtownie zakręca na północny wschód, dokonując przełomu w wysoczyznach pomorskich. Odcinek od Bydgoszczy do Tczewa przebiega przez makroregion Doliny Dolnej Wisły, zaś północny odcinek przez mezoregion Żuławy Wiślane.
Obszar chroniony Dolina Dolnej Wisły jest położona na terenie dwóch województw i siedemnastu powiatów: miasta Włocławka, powiatu włocławskiego, powiatu aleksandrowskiego, powiatu toruńskiego, miasta Torunia, powiatu bydgoskiego, miasta Bydgoszczy, powiatu chełmińskiego, powiatu świeckiego, powiatu grudziądzkiego, miasta Grudziądza, powiatu kwidzyńskiego, powiatu sztumskiego, powiatu tczewskiego, powiatu malborskiego, powiatu nowodworskiego, powiatu gdańskiego.