Ogólna charakterystyka obszaru Obszar obejmuje dolny odcinek doliny Wisły, zachowujący w większości naturalny charakter: z namuliskami, ławicami piaszczystymi i wysepkami. W dolinie zachowane są starorzecza i niewielkie torfowiska niskie, zaś brzegi są pokryte zaroślami wierzbowymi i lasami łęgowymi. Miejscami występują pola uprawne i pastwiska. Na wysokich zboczach doliny Wisły rosną grądy zboczowe, zaś na nasłoniecznionych skarpach utrzymują się murawy kserotermiczne.
Na przełomowych odcinkach między dnem doliny a skrajem wysoczyzn występują miejscami znaczne deniwelacje terenu. Zbocza doliny posiadają zwykle 50–70 m wysokości względnej (Nieszawa – 54 m, Fordon – 71 m, Ostromecko – 71 m, Trzęsacz – 63 m, Świecie – 60 m, Grudziądz – 59 m, Nowe – 59 m)Na podstawie rzędnych przeciętnego lustra wody w Wiśle oraz wzgórz na krawędziach wysoczyzn – odczytanych z map topograficznych (do pobrania ze strony Generalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska).
Nad obszarem chronionym Doliny Dolnej Wisły nadzór sprawuje Dyrektor Zespołu Parków Krajobrazowych Chełmińskiego i Nadwiślańskiego.
Siedliska Wśród siedlisk na obszarze doliny, największy udział posiadają tereny rolnicze – 37%, następnie wody śródlądowe (stojące i płynące – 35%), łąki i zarośla (19%), lasy liściaste (5%), lasy iglaste (2%), oraz sady (2%).