Wyspy współczesnej Japonii oddzieliły się od Eurazji ok. 15 milionów lat temu. Zostały ukształtowane w wyniku licznych orogenez. Główna oś gór i ich układ jest wynikiem fałdowań jakie miały miejsce w mezozoiku. Odmłodzenie górskiej rzeźby nastąpiło w czasie orogenezy alpejskiej. W czasie tejże orogenezy powstały liczne spękania oraz zaszły duże przemieszczenia pionowe i poziome. W tym czasie rozwinęła się także działalność wulkaniczna. Skutkiem powstałych procesów wulkanicznych oraz plutonicznych, jakie występują do dziś, było wytworzenie się intruzji granitowych i pokryw lawowych oraz tufowych. Wykształcenie się obecnych rysów rzeźby było wynikiem fałdowań i działalności rzeźbotwórczej wód płynących i morza w okresie kenozoiku. Ponadto wpływ na obecną rzeźbę Japonii ma aktywny wulkanizm oraz trzęsienia ziemi. Japonia jest jednym z najbardziej niestabilnych geologicznie obszarów na świecie.
Chociaż budowa geologiczna Wysp Japońskich nawiązuje do Azji, to są one od kontynentu azjatyckiego oddzielone skorupą ziemską typu oceanicznego, podobnie jak od Ameryki.