Wulkany układają się w dwóch pasach – wschodnim, biegnącym wzdłuż Morza Japońskiego na zachód od Honsiu, który łączy się z Łukiem Riukiu oraz zachodnim, który jest przedłużeniem Łuku Kurylskiego na północ od Hokkaido i łączy się z Łukiem Honsiu, który zbiega się z Łukiem Izu-Mariana w środkowej części Honsiu. Japonia dzieli się na 7 głównych stref wulkanicznych: Kirishima, Haku-san, Norikura, Fudżi, Chōkai-san, Nasu i Chishima. Najaktywniejszymi z nich są: Asama-yama i Bandai-san na Honsiu, Tokachi-dake na Hokkaido, Sakurajima, Kirishima-yama i Aso-san na Kiusiu.
Na obszarach wulkanicznych występują liczne źródła mineralne (około 15 tys.), w większości termalne (onseny). Występujące powszechnie wokół innych wulkanów gorące źródła, gejzery, stawy gorącego błota oraz wyziewy gazów i par świadczą o tym, iż nie są one całkowicie uśpione, a ich działalność wciąż stanowi poważne zagrożenie erupcją. Wody termalne są tradycyjnie wykorzystywane w łaźniach (sentō) i uzdrowiskach do celów leczniczych.