Projekt Głównym konstruktorem Ki-87 został inżynier Kunihiro Aoki. Pracę rozpoczęto od kłótni pomiędzy inżynierami Nakajimy a Wydziałem Technicznym Sił Powietrznych. Przedmiotem sporu było miejsce umieszczenia turbosprężarki w samolocie. Wydział techniczny optował za rozwiązaniem znanym z amerykańskiego myśliwca Republic P-47 Thunderbolt, w którym turbosprężarkę umieszczono pod spodem samolotu z tyłu kadłuba. Długie przewody doprowadzały spaliny silnikowe do napędu turbosprężarki, która z kolei zasysała powietrze i przez chłodnice, równie długimi przewodami, doprowadzała je do silnika.
Inżynierowie z Nakajimy krytykowali takie rozwiązanie twierdząc, że podwyższa to niepotrzebnie masę samolotu i zwiększa wrażliwość na ostrzał jego kluczowych mechanizmów. Ich zdaniem, zdecydowanie korzystniejsze byłoby umieszczenie turbosprężarki z boku kadłuba jak najbliżej silnika.
Sięgnięto po rozwiązanie kompromisowe budując obydwa systemy. Zakładano, że pierwsze pięć wybudowanych samolotów będzie miało turbosprężarkę umieszczoną tak, jak chce tego zespół inżyniera Aoki, a wszystkie pozostałe myśliwce, jak woli Wydział Techniczny.