Problemem była również sama konstrukcja urządzenia, z którym japoński przemysł nie miał doświadczenia.
Niestety problemy z turbosprężarką sprawiły, że pierwszy prototyp gotowy był dopiero w lutym 1945 roku, cztery miesiące po terminie. Nie tylko turbosprężarka przyprawiała konstruktorów o ból głowy. Całkowitą nowością w japońskim samolocie było nowe podwozie główne, skopiowane z amerykańskiego myśliwca Curtiss P-40 Warhawk, w którym golenie podczas chowania w locie najpierw obracały się o 90° a następnie na płasko chowały do wnęk w skrzydłach.
W lutym 1945 roku rozpoczęto pierwsze próby kołowania bez odrywania się od ziemi. W swój dziewiczy lot maszyna wzbiła się w kwietniu 1945 roku i wykonała w sumie pięć lotów. W każdym z nich pilot miał surowy zakaz chowania podwozia, którego niedopracowana konstrukcja groziła zablokowaniem kół.
Kapitulacja Japonii zakończyła wszystkie prace nad Ki-87.