Najobszerniejszą biografię Cyryla napisał, pod koniec VII wieku, koptyjski historyk Jan z Nikiu. Dzieło to zachowało się w etiopskim tłumaczeniu z tłumaczenia arabskiego, Jan wykorzystał starożytne źródła egipskie, współcześnie zaginione, stąd jego praca jest niezwykle wartościowa. Natomiast łacińskie i greckie dzieła hagiograficzne przekazały głównie legendy i we współczesnej nauce uważane są za mało wiarygodne.
Po śmierci Cyryla jego doktryna religijna została stopniowo uznana za ortodoksyjną przez większość Kościołów chrześcijańskich, ale była odmiennie interpretowana przez przedstawicieli różnych nurtów teologicznych. Na soborze chalcedońskim tezy sprzeczne z nauką biskupa Aleksandrii uzasadniano wyrwanymi z kontekstu cytatami z jego prac. Ponieważ przeciwnicy Chalcedonu powoływali się na autorytet Cyryla, na II soborze konstantynopolitańskim dokonano reinterpretacji jego dzieł. Na polecenie cesarza Justyniana przyjęto wyjaśnienie, zgodnie z którym niektóre terminy w pracach Cyryla mają inne znaczenie, niż dosłowne. Obok dominującej w historii myśli chrześcijańskiej, kompromisowej tzw. teologii konstantynopolitańskiej, występował i występuje współcześnie silny nurt dosłownego rozumienia dzieł Cyryla, zwany niekiedy cyrylijskim fundamentalizmem.