W nowożytnej teologii chrześcijańskiej różnych wyznań funkcjonuje także tendencja do całkowitego odrzucenia doktryny Cyryla i wywodzącej się z niej tradycji naukowej. Cyryl jest bowiem myślicielem, który wywoływał za życia i wywołuje współcześnie skrajne reakcje wśród teologów.
W średniowiecznym Bizancjum Cyryla nazywano Pieczęcią Ojców. Uważano, że jego nauka była zwieńczeniem filozofii i teologii okresu patrystycznego. W V wieku przetłumaczono na łacinę najważniejsze dzieła biskupa Aleksandrii i opublikowano w Rzymie jako Florilegium Cyrillianum. Na początku VI wieku kilka prac przełożył Dionizy Mniejszy. Jednak od VII wieku bezpośrednia znajomość dzieł Cyryla na Zachodzie zanikła. Cytowano je z opracowań autorów łacińskich V i VI wieku. Wpływ myśli Cyryla na Zachodzie został w praktyce ograniczony do dogmatyki. Jego imię wymieniano w pracach historycznych poświęconych sporom chrystologicznym późnej starożytności. Wyjątkiem był Tomasz z Akwinu, który pod koniec życia przeczytał niektóre z dzieł Cyryla. Wpływ doktryny biskupa Aleksandrii na późną filozofię i teologię Akwinaty jest we współczesnej nauce uważany za znaczący. Wielu badaczy uznaje dojrzałą chrystologię Tomasza za cyrylijską.