Falsyfikacjonizm przyjmował bowiem, że naukowcy tworzą teorie, a Natura ogranicza się do wyrażenia swego NIE w formie niespójności obserwacji. Według Poppera, podtrzymywanie teorii w sytuacji, gdy Natura je odrzuciła jest irracjonalne, a jednak Kuhn pokazał, że jest to dość powszechną praktyką. Według Lakatosa zaś nie jest tak, że my przedkładamy teorię, a Natura zgłasza swe weto; jest raczej tak, że przedkładamy całą gęstwinę teorii, a natura mówi <<to niespójne>>. Niespójność tę można usunąć nie zmieniając programu badawczego – można zostawić twardy rdzeń, a zmienić jedynie hipotezy pomocnicze.
Jednym z przykładów jest historia zasad dynamiki Newtona. W fizyce Newtona (programie badawczym) prawa te, jak sądził Lakatos, nie są poddawane falsyfikacji, gdyż stanowią twardy rdzeń programu. W tym sensie program badawczy jest podobny do Kuhnowskiego paradygmatu.
Lakatos był przekonany, że program badawczy zawiera zarówno reguły metodologiczne, które wskazują w jakich kierunkach nie prowadzić badań (Lakatos nazwał to heurystyką negatywną) jak i takie, które sugerują w jakim kierunku badania prowadzić (heurystyka pozytywna).