Dla Lakatosa to, co uważamy za „teorie” to w gruncie rzeczy zespoły teorii odwołujących się do wspólnych idei – twardego rdzenia (hard core) w terminologii Lakatosa. Owe zespoły teorii Lakatos nazwał programami badawczymi – uczeni zaangażowani w dany program badawczy będą starali się chronić jego rdzeń przed falsyfikacją za pomocą hipotez pomocniczych. Podczas gdy dla Poppera podejście takie dyskredytuje tworzone ad hoc hipotezy, Lakatos pokazuje, że budowanie pasa ochronnego hipotez roboczych wokół rdzenia programu badawczego nie zawsze jest czymś złym. Zamiast pytać, czy hipoteza jest prawdziwa czy fałszywa, Lakatos sugeruje, by rozważyć, czy program badawczy jest postępowy czy się degeneruje. Postępowy program badawczy rozpoznajemy po odkrywaniu przez niego nowych i zdumiewających faktów. Program, który się degeneruje przejawia się brakiem rozrostu, lub tym, że jego pas ochronny nie prowadzi do niczego nowego.

Lakatos szedł tutaj za myślą Quine’a, że główną ideę każdej teorii można bronić przed atakami, kierując je przeciwko innym jej składnikom (holizm epistemologiczny). Tę trudność falsyfikacjonizmu dostrzegał również sam Popper.