Drugim jego zadaniem było tak zorganizować zarządzanie Generalnym Gubernatorstwem, aby utrzymać miejscowych „obcoplemieńców” w ryzach, a nawet więcej wykorzystać ich do swych celów. Uważał, że Austro-Węgry pokazywały drogę włączenia Polaków i Ukraińców do administracji państwowej i do armii. Piętrowe intrygi polityczne tworzone podczas jego urzędowania w Krakowie doprowadziły do jego upadku. Symptomatyczne jest zaangażowanie Losackera w sprawę propozycji współpracy wojskowej z Niemcami przedstawionej przez „Miecz i Pług” i rozczarowanie brakiem pozytywnego odzewu hrabiego Ronikiera na propozycję utworzenia polskiej zbrojnej „Straży Gminnej” pod komendą policji niemieckiej. Sprawa morderstwa dużej grupy wpływowych ziemian na weselu przez oddział SS wbrew Losackerowi członkowi SS i co więcej SD oraz duży wysiłek Losackera w wyjaśnieniu tej sprawy był prawdopodobnie podstawową przyczyną jego odwołania z Generalnego Gubernatorstwa przez Heinricha Himmlera i wysłania na front.