W roku 1611 Iwan Tyszkiewicz za rzekome bluźnierstwo i herezję został skazany na śmierć, a następnie w okrutny sposób uśmiercony.
W Rzeczypospolitej zdarzały się także przypadki niszczenia mienia i pogromów braci polskich. Dla przykładu w maju 1591 roku w Krakowie podczas rozruchów antyprotestanckich zburzono zbór braci polskich (znajdujący się w miejscu obecnego kościoła św. Tomasza Apostoła przy ul. Szpitalnej 14), a 2 sierpnia 1627 podczas tumultu w Lublinie zburzono lubelski zbór wspólnoty.
Na wydanym w roku 1603 pierwszym polskim indeksie ksiąg zakazanych opracowanym z inicjatywy kardynała Bernarda Maciejowskiego wśród 60 autorów o możliwej identyfikacji wyznaniowej znalazło się 14 członków wspólnoty braci polskich (najwięcej po 18 kalwinistach). Na 318 dzieł z tego indeksu z podanym miejscem wydania 34 opublikowano w Rakowie (najwięcej po Krakowie – 108). Na rzymskim Indeksie znalazło się wiele dzieł braci polskich, a cała Bibliotheca Fratrum Polonorum została umieszczona na tym Indeksie w 1757.