W roku 1638, pod pretekstem rzekomego sprofanowania przydrożnego krzyża przez kilkunastu uczniów, biskup krakowski Jakub Zadzik doprowadził do rozwiązania Akademii Rakowskiej, a jej wykładowców skazano na banicję pod karą śmierci. Zlikwidowano także dom wydawniczy Sebastiana Sternackiego i zbór w Rakowie. Następnie zamknięto oficynę wydawniczą Sternackiego w Krakowie. W niektórych miejscowościach, zwłaszcza na Podkarpaciu, dochodziło do pogromów braci polskich, w trakcie których napadano na ich dwory, ograbiano a niektórych zamordowano.
Wygnanie braci polskich z Polski Stopniowe ograniczenia wolności religijnej innowierców wywołały spiralę narastającej niechęci, a nawet wrogości między katolikami a innowiercami. Szukając pomocy w respektowaniu tolerancji religijnej innowiercy zwracali się do zagranicznych współwyznawców w luterańskiej Szwecji, co zwiększało niechęć katolików i sprowadzało na innowierców kolejne represje, jednocześnie jeszcze mocniej zmuszając ich do szukania wsparcia w krajach ościennych. Przełomem w stosunkach braci polskich z katolikami stał się potop szwedzki.