W XIII wieku, kiedy na Półwyspie Apenińskim wybuchł konflikt pomiędzy zwolennikami papieża a zwolennikami cesarza, Sanmaryńczycy przyłączyli się do niego po stronie cesarza, gdyż chcieli się uniezależnić od biskupów, którzy ingerowali w wewnętrzne sprawy republiki San Marino. Za opowiedzenie się po drugiej stronie papież Innocenty IV nałożył w 1247 roku na San Marino ekskomunikę, która została zdjęta po dwóch latach po interwencji obywateli San Marino. Państwo Kościelne w drugiej połowie XIII wieku szybko się rozwijało, szczególnie terytorialnie. San Marino wprawdzie nie zostało przez nie zajęte, ale w 1291 papież próbował uczynić z San Marino swoje lenno i narzucić podatki, co spotkało się z buntem Sanmaryńczyków. Ponowna próba narzucenia podatków przez Państwo Kościelne miała miejsce w 1296 roku, jednakże po rozprawie sądowej 3 lipca 1296 roku zapadł wyrok zwalniający mieszkańców San Marino z podatków kościelnych.