W XIV wieku San Marino zostało uwikłane w kolejną wojnę na Półwyspie Apenińskim. Aby zyskać przychylność papieża, biskup Benvenuto sfałszował dokumenty i próbował sprzedać San Marino gminie Rimini, a pieniądze z tej transakcji miały zasilić skarbiec Państwa Kościelnego. Do transakcji jednak nie doszło. Po tych wydarzeniach papież postanowił uspokoić sytuacje na Półwyspie Apenińskim, zwiększając siłę Państwa Kościelnego. Samo San Marino pozostało jednak niepodległe, a kościół w San Marino dostał się w bezpośrednią władze legata papieskiego. W 1366 roku zawarto traktat pokojowy w regionie, a rok później kardynał Andruino uznał prawa San Marino do wolności i niepodległości.
W drugiej połowie XV wieku król Neapolu rozpoczął wojnę z Molestami. San Marino oraz papież opowiedzieli się wówczas po stronie Neapolu. Papież w zamian za pomoc nadał San Marino posiadłości Fiorentino, Montegiardino, Serravalle i Faetano, które Sanmaryńczycy zdobyli podczas tej wojny.
W pierwszej połowie XVI wieku niepodległość San Marino została mocno zagrożona ze strony Republiki Weneckiej. Władze San Marino wystąpiły do papieża Juliusza II o protekcję. Papież jednak nie pomógł Sanmaryńczykom.