Od przełomu XVI i XVII wieku do 1798 Na przełomie XVI i XVII wieku Państwo Kościelne bardzo się umocniło i podbiło tereny wokoło San Marino. Dodatkowo San Marino znajdowało się w kryzysie. San Marino nie straciło niepodległości, jak okoliczne państewka, aczkolwiek sekretarz San Marino musiał podpisać Traktat o ochronie Republiki przez Stolicę Apostolską, ratyfikowany przez papieża Klemensa VIII w maju 1602 roku.
W 1631 roku Państwo Kościelne stało się jedynym sąsiadem San Marino, aczkolwiek dzięki podpisanemu traktatowi San Marino nie zostało podbite.
Do dość napiętej sytuacji w stosunkach między San Marino a papieżem doszło w XVIII wieku, kiedy kardynał Giulio Alberoni przesłał list papieżowi Klemensowi XII, w którym określił San Marino jako siedlisko wszelkiego zła, sugerując, że trzeba podbić tę republikę, by dla dobra mieszkańców zaprowadzić tam porządek. Papież Klemens XII upoważnił kardynała do włączenia San Marino do Państwa Kościelnego. San Marino jednak nie podało się i papież, pod naciskiem ambasadorów Austrii, Francji i Hiszpanii, postanowił powtórnie rozpatrzeć sprawę. 9 stycznia 1740 delegat Stolicy Apostolskiej Enrico Enriquez przybył do San Marino i incognito rozmawiał z jego obywatelami.