W 1639 r. ks. Sebastian Grotowski, archidiakon i oficjał generalny włocławski ustanowił ks. Jana Laubigera kapelanem kościoła Św. Trójcy. Wyposażył on świątynię w niezbędne aparamenty oraz ustanowił fundusz na utrzymanie swoich następców.
W wizytacji z 1699 r. stwierdzono, że w kościele znajdują się dwa ołtarze: większy i mniejszy przy wejściu do zakrystii, bogato zdobiony z kilimami i portatylem. Świątynia była bogato uposażona czynszami: od 2600 złotych na dobrach Macieja Palędzkiego, chorążego bydgoskiego, czynsz od 300 zł na kamienicy Menclów i inne pomniejsze. Obok kościoła znajdował się dom kapelana, który posiadał ponadto zabudowania gospodarcze, sad i ogrody, rozmieszczone w otoczeniu miasta. Kapelan był obowiązany odprawić trzy msze św. tygodniowo.
W 1722 r. prepozytem świątyni został ks. Adam Buszkowski, a w 1760 r. ks. Piotr Gliszczyński, który prebendę opuścił dopiero w 1772 roku.