Wizytacja kanoniczna w 1763 r. wykazała, że świątynia była murowana i pokryta dachówką. Z boku stała drewniana dzwonnica z dwoma dzwonami. Świątynia była ogrodzona płotem z desek, w którym były dwie duże bramy: zachodnia i południowa. W środku kościół był drewniany, miał malowany sufit, chór ozdobiony wizerunkami apostołów, drewnianą podłogę oraz czternaście ławek ozdobionych herbami. W kościele znajdowały się wówczas trzy konsekrowane ołtarze. W wielkim ołtarzu znajdował się obraz Matki Boskiej Częstochowskiej. Dwa pozostałe przedstawiały: Pana Jezusa i Świętą Trójcę. Cmentarz przykościelny był dobrze utrzymany; zawierał liczne pochówki z czasów zarazy.
Po przejściu Bydgoszczy pod władzę pruską w 1772 r. świątynia popadła w ruinę. W 1786 r. władze pruskie usunęły wszystkie sprzęty kościelne; zniszczono ławki i ołtarze, a ogrodzenie kościoła i cmentarza spalono. W zdewastowanej świątyni urządzono magazyn zbożowy. W 1790 r. kościół przejął stacjonujący w mieście pruski batalion strzelców, którzy urządził w nim prochownię. Podczas wizytacji kościelnej w 1802 r. stwierdzono, iż kościół jest opuszczony i zrujnowany.