W 2004 roku zajął drugie miejsce w krajowym superpucharze – Campeón de Campeones, a barwy Pachuki reprezentował ogółem z sukcesami przez sześć lat.
Wiosną 2006 Santana za sumę 1,7 miliona dolarów przeszedł do jednego z najbardziej utytułowanych klubów w kraju – Chivas de Guadalajara. Tam od razu został jednym z najważniejszych zawodników drużyny i już w styczniu tego samego roku zajął z tą drużyną drugie miejsce w rozgrywkach kwalifikacyjnych do Copa Libertadores – InterLidze. W jesiennym sezonie Apertura 2006 wywalczył z Chivas trzecie w swojej karierze mistrzostwo Meksyku, zaś w 2007 roku dotarł z zespołem szkoleniowca José Manuela de la Torre do finału Pucharu Mistrzów CONCACAF. W Chivas występował ostatecznie przez trzy lata, notując udane występy, lecz nie potrafił do końca przekonać do siebie kibiców ekipy. Na początku 2009 roku został zawodnikiem prowadzonej przez De la Torre drużyny Deportivo Toluca, a w zamian jego dotychczasowy klub zasilił Sergio Amaury Ponce. Barwy tego zespołu reprezentował jednak tylko przez sześć miesięcy, nie odnosząc większych osiągnięć.