Na przeszkodzie dalszym planom rozbudowy stanęła zbliżająca się do Bremy reformacja.
Arcybiskup Rode zalecił w 1511 r. używanie mszału Missale secundum ritum ecclesie Bremense jako jedynego obowiązującego w diecezji sposobu odprawiana mszy. Mszał ten należy dziś do najcenniejszych zbiorów katedralnego muzeum, będąc jego najstarszą księgą.
Reformacja thumb|upright|Katedra w 1532 r., obraz w ratuszu 9 listopada 1522 były augustiański zakonnik Heinrich von Zütphen wygłosił w kaplicy kościoła św. Ansgara w Bremie pierwsze reformacyjne kazanie. W reakcji na to kapituła katedralna złożyła skargę na ręce arcybiskupa Christopha von Braunschweig-Wolfenbüttel. Ten zażądał wydania Zütphena, natknął się jednak na opór rady miasta i mieszczaństwa. Do wyjaśnienia sprawy zwołano zgromadzenie stanów oraz lokalny synod kościelny, które jednak nie przyniosły pomyślnego rozstrzygnięcia konfliktu.
W następstwie przychylnej reformacji postawy włodarzy miasta trzy klasztory bremeńskie (św. Pawła, św. Jana i św. Katarzyny) zostały zamknięte. Od 1524 r. obok księży katolickich w kościołach parafialnych zaczęli urzędować również protestanccy duchowni;