wkrótce potem w kościołach tych zaprzestano odprawiania mszy katolickich. W 1534 r. wprowadzony został, zarządzony przez Lutra nowy, protestancki porządek kościelny (niem. Kirchenordnung). Około 1532 katedra została zamknięta, ponieważ reformacja zdaniem jej liderów nie spotkała się z pozytywnym przyjęciem wśród członków kapituły zaś w Niedzielę Palmową katedra została zajęta przez grupę zrewoltowanych mieszczanZwei wertvolle Bücher w: Schätze aus dem Bremer St. Petri Dom – Führer durch das Dom-Museum, s. 49–50.. Zamknięcie katedry zostało odwołane po 15 latach, kiedy reformacyjny kapłan polowy i teolog Albert Hardenberg został mianowany nowym kaznodzieją katedralnym. Jego nominacja wywołała jednak różnorakie spory między luteranami a zwolennikami innego reformatora Filipa Melanchtona i w konsekwencji Hardenberg został 18 lutego 1561 wydalony z Bremy. thumb|left|upright|Katedra w 1603 r., panorama Wilhelma DilichówUrbis Bremae Et Praefecturaru(m), Quas Habet, Typ(us) Et Chronicon (online w bibliotece uniwersytetu w Bremie). thumb|upright|Katedra w 1695 r.: wieża południowa (z prawej) zawaliła się w 1638, natomiast północna po pożarze w 1656 została zadaszona tymczasowym, niewysokim dachem namiotowym (fragment rysunku Dahlbergha) Potem katedra została zamknięta po raz drugi w ciągu 29 lat.