Zaplecze gospodarcze obejmowało także zabudowę przedzamcza oraz urządzenia związane z funkcjonowaniem majątku zakonnego.
Faza IV – przebudowy po 1525 roku i w XVII wieku
Po sekularyzacji państwa zakonnego w 1525 roku zamek stał się siedzibą książęcej administracji, a następnie starosty i łowczego. Średniowieczna warownia była stopniowo przekształcana w wygodniejszą siedzibę urzędniczą i rezydencjonalną. Największe zmiany nastąpiły w pierwszej połowie XVII wieku, kiedy zabudowano kolejne strony dziedzińca. Powstało skrzydło z przejazdem bramnym od strony miasta oraz kolejne skrzydło po stronie przeciwnej do średniowiecznego domu komturskiego. Do dawnego skrzydła krzyżackiego dobudowano niewielką wieżę mieszczącą klatkę schodową od strony dziedzińca.
Przy wznoszeniu nowożytnych części wykorzystywano materiał pochodzący ze średniowiecznych murów kurtynowych, które w niektórych partiach zostały w związku z tym obniżone. Ostatecznie powstała nieregularna zabudowa otaczająca wydłużony dziedziniec na planie litery U.
Podczas Potopu szwedzkiego książę pruski, mimo zależności lennej, zdradził polskiego króla Jana Kazimierza Wazę, w związku z tym w dniu 9 lutego 1657 roku zamek został spalony podczas odwetowego najazdu Aleksandra Połubińskiego na Prusy Książęce.