22 lipca 2011 został trenerem Jagiellonii BiałystokCzesław Michniewicz nowym trenerem Jagiellonii., jednak już 22 grudnia 2011, po spotkaniu Michniewicza z przedstawicielami rady nadzorczej białostockiego klubu, rozwiązano z nim kontrakt za porozumieniem stron (wraz z trenerem z klubu odeszli: drugi trener Marcin Węglewski oraz trener przygotowania fizycznego Kristijan Brčko)„Nie jestem z tego powodu szczęśliwy, ciężko zresztą być szczęśliwym, kiedy traci się pracę. Moje oczekiwania względem Jagiellonii takie, że będę tu pracował długo. Niestety życie zweryfikowało to inaczej.” Źródło: JAGIELLONIA BIAŁYSTOK. Aktualności..
28 marca 2012 objął stery w Polonii Warszawa, którą prowadził do 8 maja tego samego rokusport.pl: Michniewicz nie jest już trenerem Polonii Warszawa..
Od 22 marca do 22 października 2013 trenował Podbeskidzie Bielsko-Biała.
9 kwietnia 2015 po ponadrocznej przerwie został zatrudniony, tym razem w roli szkoleniowca Pogoni Szczecin, z którą wywalczył na koniec sezonu 2015/16 szóste miejsce w Ekstraklasie. Pomimo najlepszego wyniku od lat klub nie przedłużył z Michniewiczem umowy, która oficjalnie miała wygasnąć 30 czerwca 2016.