21 września 2020 Michniewicza mianowano trenerem Legii Warszawa. W sezonie 2020/2021 zdobył z klubem mistrzostwo Polski, a następnie wprowadził go do Ligi Europy UEFA. 25 października 2021 został zwolniony z funkcji trenera zespołu; Legia zajmowała wówczas 15. miejsce w tabeli Ekstraklasy.
12 czerwca 2023 objął występujący w Saudi Professional League klub Abha FC. 1 października 2023 pożegnał się z posadą z powodu niezadowalających wyników drużyny.
13 lipca 2024 został trenerem klubu AS FAR Rabat, występującego w marokańskiej lidze Botola Pro Inwi. Podpisał umowę na dwa lata, jednak po trzech miesiącach i serii pięciu meczów bez zwycięstwa, władze klubu podjęły decyzję o rozwiązaniu kontraktu za porozumieniem stron.
Polska U-21
7 lipca 2017 objął stanowisko selekcjonera reprezentacji Polski do lat 21. Zwyciężając z Portugalią w barażach, Polska — pod jego wodzą — po raz pierwszy od 1994 zakwalifikowała się do turnieju finałowego mistrzostw Europy w tej kategorii wiekowej. W turnieju finałowym Polska odpadła w fazie grupowej, zajmując trzecie miejsce z sześcioma punktami na koncie.