Po śmierci Zygmunta I w 1548 roku, do swych mazowieckich dóbr oprawnych (wdowich) przeniosła się z Wawelu królowa Bona. Wraz z córkami: Zofią, Anną, Katarzyną i Izabelą (królową węgierską), zamieszkała w Dworze Mniejszym ZamkuM. Wrede, Królowa Bona. Między Włochami a Polską, 1992, s. 66–79.. Po wyjeździe królowej do Włoch w 1556 roku, zaczął bywać w Warszawie i zwoływać tu sejmy (1556/7, 1563/64) król Zygmunt August. Jednocześnie z rozpoczęciem prac nad unią polsko-litewską w 1563 roku podjęto decyzję o rozbudowie Zamku. Rozpoczęto ją jednak dopiero w 1569 roku. Mocą uchwały unijnego sejmu lubelskiego (1569) Warszawa i Zamek zostały uznane za stałe miejsce zgromadzeń sejmu RzeczypospolitejM. Wrede, W sprawie stołeczności Warszawy. Wnioski z analizy podróży dwu ostatnich Jagiellonów, „Rocznik Warszawski”, t. 32, s. 171–177; M. Wrede, Chronologia budowy Nowego Domu Królewskiego, „Kronika Zamkowa”, 1(23) 1991, s. 70–79; Volumina constitutionum, t. II: 1550-1609, vol. 1: 1550-1586, do druku przygotowali S. Grodziski, I. Dwornicka, W. Uruszczak, Warszawa 2005, s. 243..