thumb|Mohammad Chatami, 2000 Jako szef rządu Chatami pozostawił na stanowiskach niektórych konserwatywnych ministrów, usunął jednak z rządu ministra spraw zagranicznych Alego Akbara Welajatiego i ministra wywiadu Alego Fallahijana, ministrem spraw wewnętrznych mianował reformistę Abdollaha Nuriego, zaś ministrem islamskiego przewodnictwa – Ata’ollaha Mohadżeraniego. Jako prezydent zezwolił na szerszy niż dotąd zakres wolności słowa, przyczyniając się tym samym do szybkiego rozwoju mediów i sztuki. W polityce zagranicznej Chatami dążył do poprawy stosunków Iranu z krajami Bliskiego Wschodu oraz z państwami Zachodu. W wywiadzie udzielonym CNN sugerował, że nawet stosunki amerykańsko-irańskie mogłyby być o wiele lepsze.
Działania Chatamiego budziły opór konserwatywnych deputowanych do Madżlesu (mieli większość w kadencji przypadającej na lata 1996–2000), Alego Chameneiego i jego doradców, jak również dowództwa Korpusu Strażników Rewolucji Islamskiej. Dążąc do zahamowania inicjowanych przez niego reform, nie atakowali oni samego prezydenta, lecz wybranych polityków z jego obozu.