Ich działania doprowadziły do usunięcia z polityki sprzyjającego Chatamiemu mera Teheranu Gholamhosejna Karbascziego oraz ministra spraw wewnętrznych Abdollaha Nuriego, zaś jego następca Abdolwahed Musawi Lari nigdy nie zdołał faktycznie objąć kontroli nad resortem. W szczególności policja ignorowała jego polecenia, zachowując zamiast tego lojalność wobec Alego Chameneiego i jego otoczenia, który, udając początkowo neutralność wobec działań prezydenta, z czasem jawnie opowiedział się przeciwko jego programowi. W ramach zastraszania reformatorów utworzona przez służby specjalne bojówka zamordowała kilkoro intelektualistów. Chatami stracił znaczną część poparcia, gdy okazało się, że nie jest w stanie bronić swoich bliskich współpracowników.
W 1999 w Teheranie doszło do protestów studenckich, których uczestnicy zostali brutalnie zaatakowani przez członków szyickich bojówek i policję. Chatami nie poparł studentów, stwierdził, że do aktów przemocy doszło wskutek działań bliżej nieokreślonych „podżegaczy”, wzywał do rozwiązywania konfliktów na drodze dialogu.