Takie postępowanie rozczarowało wielu jego zwolenników, zwłaszcza wśród młodzieży, chociaż reformiści i tak nie mieli szans na realną zmianę panującego w Iranie systemu politycznego.
Walka polityczna między reformistami i konserwatystami zaostrzyła się jeszcze po wyborach do Madżlesu w 2000, które zakończyły się zdecydowanym zwycięstwem ruchu 2 chordada. W 2001 Chatami pewnie uzyskał reelekcję, wygrywając wybory prezydenckie z jeszcze większą przewagą niż za pierwszym razem – uzyskał blisko 80% głosów. W tym samym roku, gdy prezydent Stanów Zjednoczonych George W. Bush zaliczył Iran do „osi zła”, konserwatyści jeszcze bardziej zdecydowanie zaatakowali politykę zagraniczną prezydenta, przekonując, że wzywał on do dialogu z państwami wrogimi Iranowi i niegodnymi zaufania. We wrześniu 2002 Chatami bez powodzenia starał się o przegłosowanie dwóch ustaw modyfikujących ustrój Iranu: pierwszej, ograniczającej prerogatywy Rady Strażników Konstytucji i drugiej, wzmacniającej pozycję prezydenta. Kontrolując sądownictwo i policję, konserwatyści byli w stanie doprowadzić do fali aresztowań sprzyjających Chatamiemu intelektualistów i dziennikarzy oraz do zamknięcia szeregu reformatorskich pism.