Prezydentura Po śmierci prezydenta Isloma Karimova, Mirziyoyev został przewodniczącym komitetu pogrzebowego i gospodarzem uroczystości pochówkowych w SamarkandzieIslam Karimov: Uzbekistan strongman’s death confirmed, BBC News, 2016-09-02.Комиссию по организации похорон Каримова возглавил премьер Шавкат Мирзиёев, kommersant.ru, 2016-09-02.. Podczas wspólnego posiedzenia obu izb parlamentu 8 września 2016, Shavkat Mirziyoyev został mianowany pełniącym obowiązki prezydenta Uzbekistanu, zastępując na tym stanowisku przewodniczącego Senatu Nigʻmatillę YoʻldoshevaUzbekistan Names Longtime PM Mirziyaev Interim President, Radio Liberty, 2016-09-08.Uzbekistan: premier Szawkat Mirzijojew p.o. prezydenta, bankier.pl, 2016-09-08.. Tydzień później Mirziyoyev zrezygnował z członkostwa w partii Milliy Tiklanish i ogłosił swój start w wyborach prezydenckich z ramienia ugrupowania O’zlidepUzbekistan interim head Shavkat Mirziyoyev likely to win presidential elections, ibtimes.co.in, 2016-09-16.Uzbekistan’s Acting President To Run In December Election, rferl.org, 2016-09-16..