1 listopada 2016 rządy Uzbekistanu i Kirgistanu ogłosiły osiągnięcie porozumienia w sprawie nowej umowy dot. kontroli i utrzymania granicy pomiędzy krajamiUzbekistan, Kyrgyzstan Reach Provisional Border Agreements, eurasianet.org, 2016-11-01.. Był to pierwszy istotny krok w celu naprawy obustronnych stosunków między państwami, nadszarpniętych szczególnie po zamieszkach kirgisko-uzbeckich w 2010 roku. Decyzja administracji Mirziyoyeva została określona jako progres w polityce zagranicznej i pierwsze oznaki odchodzenia od linii dyplomatycznej Isloma KarimovaMirziyoyev Keeping Up the Good Neighbor Act, The Diplomat, 2016-11-02.. 6 września 2017 miała miejsce pierwsza od 17 lat wizyta prezydenta Uzbekistanu w Kirgistanie, podczas której prezydenci Mirziyoyev i Atambajew podpisali akt o demarkacji wspólnej granicy.
Shavkat Mirziyoyev zwyciężył w wyborach prezydenckich, które zostały przeprowadzone 4 grudnia 2016 uzyskując już w pierwszej turze wynik 88,61% głosów. Drugie miejsce zajął lider Partii Ludowo-Demokratycznej Hotamjon Ketmonov z wynikiem 3,73% głosówШавкат Мирзиёев победил на выборах Президента, gazeta.uz, 2016-12-05.. 14 grudnia 2016 został zaprzysiężony przez parlament na stanowisku prezydenta.