Po powrocie do kraju uzyskał 14 września 1910 veniam legendi na UJ jako docent prywatny fizjologii i nauki żywienia zwierząt domowych, po przedstawieniu pracy Przyczynki do znajomości wymiany fosforu w ustroju zwierzęcym W 1910 ponownie otrzymał stypendium AU i wyjechał na studia de Instytutu Pasteura w Paryżu, a następnie przebywał w Heidelbergu. W 1916 mianowany został tytularnym profesorem nadzwyczajnym i w tym samym okresie zaproponowano mu przejście do Instytutu Gospodarstwa Wiejskiego w Puławach. Było to jedną z przyczyn przyspieszenia decyzji władz o utworzeniu nowej Katedry Fizjologii i Nauki Żywienia Zwierząt Domowych na UJ oraz mianowaniu Rogozińskiego rzeczywistym profesorem nadzwyczajnym 1 października 1917, a następnie 1 kwietnia 1920 – profesorem zwyczajnym. Katedrą kierował do wybuchu II wojny światowej w 1939. Był faktycznym twórcą i organizatorem tej placówki, umożliwiającej prowadzenie pierwszych w Polsce badań fizjologii żywienia związanych z potrzebami rolnictwa krajowego. W 1920 był dyrektorem Studium Rolniczego UJ, a po przekształceniu Studium w Wydział dziekanem 1926 i 1937 i prodziekanem 1927–1930 Wydziału Rolniczego. W 1938 odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski10 listopada 1938 „za zasługi na polu pracy naukowej” .